A história de São João Marcos se inicia em 1739 com a construção de uma capela dedicada ao santo pelo fazendeiro João Machado Pereira. Em volta do singelo templo cresceu um povoado privilegiado pelas condições naturais para o cultivo do café, fruto que nos 200 anos seguintes projetaria a cidade como uma das mais ricas do Brasil Colônia e Imperial. São João Marcos cresceu e se desenvolveu por meio de mãos negras na produção do ‘ouro verde’. O Ciclo do Café atingiu o auge da prosperidade em torno de 1850 quando São João Marcos – núcleo urbano e área rural – chegou a ter 18 mil habitantes, sendo oito mil escravizados, a maioria pertencente ao maior cafeicultor da região, Comendador Joaquim José de Souza Breves.

São João Marcos era uma cidade formada por uma dezena de ruas, três largos e algumas travessas. A área urbana era composta de casas de construção térrea e sobrados neoclássicos e o calçamento feito de pedra de cantaria. Tinha prefeitura, câmara municipal, cadeia, duas escolas públicas, agência de correios, hospital, duas igrejas (Matriz e Nossa Senhora do Rosário), dois cemitérios, teatro (São João Marcos, mais tarde também conhecido como Tibiriçá), estação meteorológica, time de futebol (Marcossense F.C.), lojas de comércio e dois clubes (Marquense, frequentado pela elite; e o Prazer das Morenas, mais popular), com suas respectivas bandas de música.

Pereira Passos, Ataulfo de Paiva e Fagundes Varela são filhos ilustres da cidade de São João Marcos. O engenheiro e político Francisco Pereira Passos (1836-1913) foi prefeito da cidade do Rio de Janeiro entre 1902 e 1906 e promoveu uma grande reforma urbanística na cidade, inspirada em Paris. Já Ataulfo Nápoles de Paiva (1867-1955) foi advogado, magistrado e membro da Academia Brasileira de Letras (ABL), e Luiz Nicolau Fagundes Varela (1841-1875) se notabilizou como um dos maiores expoentes da poesia brasileira na geração romântica; patrono da cadeira nº 11 da ABL.

Em 1939, São João Marcos foi tombada pelo órgão de proteção do patrimônio histórico e artístico da época. No ano seguinte, entretanto, foi destombada por decreto do presidente Getúlio Vargas. A cidade foi então desocupada e demolida devido à previsão de alagamento do seu perímetro urbano. A inundação, decorrente do aumento da capacidade de armazenamento do reservatório de Ribeirão das Lajes, foi necessária para a construção da Usina de Fontes Nova, até hoje em funcionamento.

Tais eventos ocorreram em um contexto político e econômico no qual o aumento da capacidade do parque elétrico nacional foi considerado crucial para o cumprimento das metas e dos objetivos estratégicos estabelecidos pelo Estado Novo para o desenvolvimento industrial do país.

A área desocupada, onde outrora existiu São João Marcos, foi arrendada a pecuaristas da região e os vestígios da cidade ficaram adormecidos por décadas. Em 1990, a Ponte Bela e as ruínas do centro histórico de São João Marcos foram tombadas pelo Instituto Estadual do Patrimônio Cultural (Inepac) e, em 2008, toda essa história começou a ser redescoberta e valorizada com a construção do Parque Arqueológico e Ambiental de São João Marcos.