O Parque Arqueológico e Ambiental de São João Marcos não tem ‘ambiental’ no nome à toa. Está inserido em uma área de 930 mil m² (93 hectares de território) de Mata Atlântica e espelho d’água da Represa de Ribeirão das Lajes – um importante patrimônio ambiental.

Dessa forma, associa a geração de energia limpa ao abastecimento de água consumida por cerca de 90% dos moradores da região metropolitana do Rio de Janeiro, graças aos oito reservatórios da Light existentes na região.

A relevância da proteção do reservatório vai além do seu tamanho e do valor ambiental intrínseco. 

Está também no fato de ser limítrofe ao Parque Estadual Cunhambebe, permitir a ligação entre o Parque da Bocaina, ao Sul, e o Parque do Tinguá, ao Norte, formando um corredor florestal praticamente contínuo de Mata Atlântica, entre o Norte e o Sul do estado.

Tiê-sangue, martim-pescador-grande, sabiá-laranjeira, trinca-ferro… A lista de aves observadas no Parque contém nada menos do que 57 espécies de pássaros. 

Em um estudo recente, pesquisadores se surpreenderam com a diversidade de répteis e anfíbios encontrada e registraram mais de 30 espécies de anfíbios e 20 espécies de répteis na área. Entre os mamíferos, um levantamento de 2011 registrou 28 espécies.