O processo de criação do Parque Arqueológico e Ambiental de São João Marcos bebeu em variadas fontes: dos parques arqueológicos tradicionais tirou a ideia de preservação de um sítio aberto à visitação; do conceito ampliado de museus de território veio a inspiração para um projeto subordinado a parâmetros de proteção, documentação, pesquisa e interpretação e também a ideia de preservar a sua diversidade biológica em um reserva particular de proteção natural. 

Já os ecomuseus inspiraram a preocupação com a participação da comunidade onde está inserido e a ênfase dada ao conjunto, e não a objetos específicos.

A concepção museológica se desenvolve em torno de três espaços: o Centro de Memória, a Área de Guarda e o Circuito de Visitação. Neles, os visitantes têm a oportunidade de trazer para o presente as memórias impregnadas nos fragmentos e ruínas encontrados nas escavações arqueológicas, documentos, fotografias, artefatos e relatos.

No Centro de Memória, onde é feito o acolhimento dos visitantes, estão expostos painéis suspensos com textos e fotos, organizados em formato de almanaque, vitrines com vestígios arqueológicos encontrados no sítio urbano e objetos doados por antigos moradores. Já a maquete reproduz, em escala, a configuração da cidade nas décadas de 1930 e 1940. 

O espaço também conta com a exibição permanente de documentários audiovisuais, contendo relatos gravados com a história de vida e as lembranças de antigos moradores da região, além de totens digitais que oferecem acervos fotográfico e documental da cidade de São João Marcos.